Neues HPC-System "MaRC3" in Marburg
Der Cluster befindet sich im Zentrum für Synthetische Mikrobiologie (Synmikro). Seine wissenschaftlichen Schwerpunkte sind Berechnungen in den Bereichen Bioinformatik, pharmazeutische Chemie und theoretische Physik. Der Schwerpunkt liegt auf Hochleistungs-GPU-Beschleunigern, die molekulare und physikalische Simulationen, Image Processing, Pattern Matching und KI-Workloads beschleunigen.
MaRC3 umfasst derzeit 26 Rechenknoten mit 64-Kern-AMD-EPYC-CPUs und RAM-Größen von 256 GB bis 1 TB. Die GPU-Leistung wird von 50 Nvidia-Beschleunigern (A100, A40 und V100S) bereitgestellt. In einer nächsten Ausbaustufe werden bis September 2022 24 zusätzliche Rechenknoten und 26 zusätzliche A100-GPUs erwartet.
Ermöglicht wurde die Realisierung des Systems durch eine Kooperation von Forschungsgruppen aus den Fachbereichen Physik, Pharmazie, Biologie, Mathematik & Informatik sowie Medizin, zunächst unter der Leitung von Prof. Dr. Bruno Eckhardt. Nach dem unerwarteten Tod von Prof. Eckhardt im August 2019 übernahm Dr. Marcus Lechner die Koordination des Projekts. Die Ausschreibung begann im März 2020, ein erster Testlauf startete im Frühjahr 2021. Unter anderem verursachte die COVID-19-Pandemie erhebliche Verzögerungen. Die Konfiguration für den Produktivbetrieb konnte bis Ende 2021 weitestgehend abgeschlossen werden. Das System wird vom Zentrum für Synthetische Mikrobiologie in enger Zusammenarbeit mit dem Hochschulrechenzentrum (HRZ) betrieben und gewartet. HPC-Ressourcen, die aktuell nicht von den Teilhabern des Clusters genutzt werden, stehen allen Marburger Forschungsgruppen zur Verfügung.
Eine Besonderheit des MaRC3-Clusters ist der direkte Zugriff auf eine weitere Neuheit, den Marburger Storage Cluster (MaSC). Dieser hochskalierbare Speichercluster bietet Forschungsgruppen die Möglichkeit, große Datenmengen langfristig zu speichern. Dank der direkten Verbindung beider Systeme kann die Verarbeitung und Analyse von Big Data direkt vor Ort ohne den Umweg über temporäre Datenspeicher erfolgen.